蠕動泵在輸送流體的過程中，流體在硅膠管里運行，這樣就避免了泵體對流體的污染。蠕動泵對流體的輸送是靠硅管被擠壓過程中達到的目的，固此不會產任何剪切力和熱效應，流體的活性也就不會被破壞。所以在世界上被廣泛應用到生物醫學工程方面。在生物制品方面蠕動泵廣泛應用到血漿濃縮，蛋白質及酶的濃縮或脫鹽，血清的滲析，細菌病毒疫苗的濃縮、細胞的收集等等。
　　
　　硅膠管夾在殼體和蠕動泵泵頭的三輥之間，殼體內經和三輥之間的間隙是硅膠管的雙壁厚度之和。蠕動泵泵頭隨電機旋轉時三輥不斷擠壓硅膠管，使硅膠管中的流體也連續穩定的擠出。隨著擠壓點的前移后部叉形成真空而使流體吸入泵內。這樣，隨著蠕動泵泵頭轉速的改變，流量也隨著改變。
　　
　　現在蠕動泵多配有與計算機的接口，采用計算機控制，可方便蠕動泵的使用。
　　
　　對蠕動泵的控制可以分為本地面板操作和計算機控制。本地面板操作是指通過蠕動泵面板上的按鍵設置蠕動泵的各個參數以及運行狀態，從而達到對蠕動泵的本地控制的目的。計算機控制是指通過計算機串口與蠕動泵相連，采用專門的控制軟件對其進行控制。
　　
　　蠕動泵控制軟件是在Visualstudio2008環境下，采用微軟土工的MFC基礎類庫開發實現的。蠕動泵控制軟件具有手動操作和自動控制兩種操作模式。手動操作模式是指在軟件界面上手動設置泵運行模式（比如單純的流速模式、定時模式、定量模式、時間間歇模式、體積間歇模式以及體積+預設時間模式等）、方向、流速、時間、循環次數等參數，在這種操作模式下可實現泵的所有控制方式及狀態查詢。自動控制模式是指根據實際需要，將泵的運行方式存儲在配置的文件中，加載此文件后，程序自動發送相應的一系列控制命令，以達到過程控制的目的，配置文件格式采用INI格式。